1998 年，為了提昇競爭力，響應政府航空資源共享政策，提供旅客更便捷的飛行網路與完善專業的服務，立榮航空正式與大華航空及台灣航空合併，同時承接長榮航空之國內航線，成為台灣飛航國內航線最大的航空公司之一，也為國內航線寫下一頁新紀元。

2000年9月，立榮航空在全公司作業，包括訂位、機場作業、空中服務、航務、航機維修及飛安的檢核中，以全方位的優異表現，獲得 ISO 9001：2000認證，是為國內第一家取得全公司認證的航空公司。2009年改採ISO 9001 新版標準 ( ISO 9001：2008 ) 申請重新驗證，再次順利完成認證。取得ISO 9001合格證明，除顯示立榮航空的品質管理系統符合國際標準之要求，同時亦展現立榮航空持續提昇服務品質的決心與毅力。

以「one stop service」的概念，立榮航空自2004年2月16日推出「立榮金廈一條龍」產品，首創機船聯運一票到底服務，旅客只要一通電話，便可一次訂好船票、機票及金門水頭碼頭與尚義機場間的雙向接駁、行李運送，再透過立榮航空綿密的飛行網路，快速連接金門與台北、台中、嘉義、台南、高雄等五大主要城市，有效地節省旅客的時間與體力，使小三通之路變得既輕鬆又便捷。「立榮金廈一條龍」自推出以來，廣獲往來兩岸小三通旅客一致好評，已成為兩岸小三通產品的領導品牌及代名詞。

2005年7月立榮航空完成開發電子行銷管理平台迄今，即有效應用網路24小時持續營運之特性，提供一般直客、企業會員及旅行社業者更即時、便利的網路售票服務，達到增加營收、提昇人力運用及良好顧客關係管理等效益。
此外，為提升國際航線訂位購票服務品質，本公司國際航線網路訂位購票系統自2007年11月1日上線啟用，成為經營國內線的航空公司中第一家可提供國際航線網路訂位購票服務及擁有最完整線上服務的航空公司。

2006年4月立榮航空以「零缺點、零建議事項」的佳績通過" IOSA(IATA Operational Safety Audit) - 國際航空運輸協會作業安全查核"，並於同年10月獲頒發 IOSA 證書。ISOA作業安全查核標準已取得美國聯邦航空總署及全球主要民航主管機關認可，在立榮航空通過查核同時，即代表安全作業已符合國際航空運輸協會的標準，這也顯示立榮航空持續貫徹" 飛安絕不妥協 "的決心與努力。並於2008年及2010年持續通過兩年一次的重新驗證，證明立榮航空作業符持續符合國際標準。

2009年7月立榮航空通過交通部民用航空局評鑑，再度獲得「金翔獎-九十六~九十七年度國籍航空公司營運與服務評鑑最優獎」，此為本公司第四度獲頒此殊榮。評鑑結果代表本公司不論在飛航安全、保安及旅客服務等項目獲得主管機關及旅客的肯定。「沒有安全就沒有品牌」、「服務是永無止境」是立榮航空對旅客的保障與承諾，未來將繼續堅持飛安絕不妥協，並持續提昇服務品質，提供旅客最安全、舒適的服務。

2010年9月27日與7-ELEVEN合作，領先業界推出至便利商店上網訂位、現金付款一次完成的新服務。旅客可利用據點遍佈全省及離島金門、澎湖、馬祖的7-ELEVEN ibon便利生活站平台，連線至立榮航空全球資訊網，即可預訂60天內至班機起飛前1小時所有國內航線機位，直接於超商櫃檯完成付款，除可免除親赴機場辦理之交通路程，又可享有網路優惠價，輕鬆又省時。
為提供旅客進一步的便利的服務，同年12月再推出已用電話或至機場現場完成訂位的旅客，亦可使用ibon平台完成現金付款的服務，旅客不須再至機場付款開票。
2011年5月4日更領先業界，為第一家於ibon平台推出刷卡購票服務的業者，旅客除了現金外也可使用刷卡付款，貼心的創舉滿足不同族群的客製化需求。
2011年12月9日，這項獨步全球的異業結盟創新服務，讓本公司榮獲「100年經濟部產業創新成果表揚－策略創新獎」，也成為該獎項設置以來第一家獲獎之航空公司。「立榮航空的策略創新是以旅客的需求為出發點，提供最快速簡便的服務，不只要做到好，還要做到最好，好到能夠感動旅客」。

立榮航空向來珍愛地球資源且重視環保，因應全球氣候變遷，推動溫室氣體減量工作，民航局輔導本公司完成民航服務碳足跡計算，係依據行政院環境保護署頒訂之「碳足跡計算指引」及英國標準協會BSI之產品碳足跡標準（PAS 2050），並於2011年9月23日經英國標準協會（BSI）完成驗證及取得證書，驗證範圍以馬公航空站為起點，聯結對外主要飛航之5條航線（包括臺北、高雄、臺中、臺南、嘉義），為國內首件完成民航服務類之碳足跡驗證實例。