競爭激烈的90年代，隨著航空事業的民營化，立榮航空以穩健厚實的根基、專業的飛航技術以及貼心的服務，贏得廣大旅客的支持，讓台灣的領空更加璀璨耀眼。此外，更以鮮明清新的企業識別系統、活力及熱情的工作態度自我期許，致力於形象的營建，強化消費者品牌忠誠度，並凸顯立榮航空與眾不同之處，以及航空領域無限寬廣的企業理念。

            立榮航空的前身為馬公航空公司，成立之初以服務澎湖鄉親及加強鄉土發展為主軸。自1995年起，長榮航空購買馬公航空之股權後，更於1996年正式更名為立榮航空，改以全新的航空公司以及新的企業識別標誌轉型再出發，一洗過去國人觀念中的強烈地方色彩，以服務更廣大的旅客。

            1998年，為了提昇競爭力，響應政府航空資源共享政策，提供旅客更便捷的飛行網路與完善專業的服務，立榮航空正式與大華航空及台灣航空合併，同時承接長榮航空之國內航線，成為台灣飛航國內航線最大的航空公司之一，也為國內航線寫下一頁新紀元。

             2001年3月，立榮航空在全公司作業，包括訂位、機場作業、空中服務、航務、航機維修及飛安的檢核中，以全方位的優異表現，獲得ISO9001：2000認證，是為國內第一家取得全公司認證的航空公司。

            同年，為配合政府推廣國民旅遊促進產業觀光，立榮航空與各地觀光、飯店業者異業結盟，率先推出「立榮假期」國民旅遊卡優惠專案，以精緻的套裝行程掀起國民旅遊熱潮，除提供旅客最超值的服務外並帶動各地觀光產業之發展。

            立榮航空以南台灣地區密集服務據點之優勢，及深具國際航空公司之服務水準，於2003年12月代理長榮航空南台灣業務，不但提供旅客更周延完整之服務，也代表著積極朝向區域性國際航空公司目標邁進之雄心。

            2004年2月，立榮航空首創「金廈一條龍」小三通產品，提供往返金廈台商最便捷快速的服務，只要一通電話即可確認所有船位、機位、並提供機場-碼頭的雙向行李運送及專屬櫃檯服務等。推出後大受歡迎，同業紛紛仿效，為市場上小三通的領導品牌。

            為了提供消費者更即時便利的訂位購票服務，立榮航空於2003年4月，開發自有的網路訂位購票系統─「立榮航空全球資訊網WWW.UNIAIR.COM.TW」，並於2005年7月全新改版，首創國內航空「線上劃位」服務，讓旅客於網路上一次完成訂位、購票及劃位手續，新增24小時個人線上服務、會員資料管理及酬賓禮兌換功能，旅客可隨時隨地透過網路完成個人差旅行程的安排。